กลุ่มบริษัทเวลเนสซิตี้ ได้แบ่งการบริหารองค์กรอย่างเป็นระบบทั้งงบประมาณ ทรัพยากรมนุษย์และระบบการเงินและบัญชี ซึ่งบริษัทในเครือจะปฏิบัติงานอย่างชัดเจนไม่ซ้ำซ้อนกันแต่จะมีการบูรณาการและจัดการทรัพยากรที่ดีระหว่างองค์กรธุรกิจภายใต้การบริหารงานของ นายแพทย์บุญชัย อิศราพิสิษฐ์ ประธานกรรมการเครือบริษัทเวลเนสซิตี้ จำกัด และบุคลากรระดับมืออาชีพเป็นหน่วยธุรกิจที่ดำเนินธุรกิจจากต้นน้ำสู่ปลายน้ำอย่างครบวงจรซึ่งแบ่งการบริหารองค์กร เป็น 6 บริษัทในเครือคือ

1.บริษัท เวลเนสซิตี้ จำกัด  
2.บริษัท เวลเนสโฮมรีสอร์ทแอนด์สปา จำกัด
3.บริษัท เวลเนสแคร์ จำกัด 
4.บริษัท เวลเนสซิตี้ ดีวิล็อปเม้นท์ จำกัด
5.บริษัท เวลเนสซิตี้ มารีน่า (ภูเก็ต) จำกัด
6. บริษัท เวลเนสซิตี้ พัทยา จำกัด
7.บริษัท เวลเนสซิตี้ สุวรรณภูมิ จำกัด